Με τον επαναπατρισμό των Ελληνικών Ενόπλων Δυνάμεων το 1944, το Νοσοκομείο μεταστεγάσθηκε στην Αθήνα και άρχισε να λειτουργεί ως Γενικό Νοσοκομείο Ελληνικής Βασιλικής Αεροπορίας, παρέχοντας περίθαλψη στο προσωπικό της Αεροπορίας. Το 1966 μετονομάσθηκε σε 251 Γενικό Νοσοκομείο Αεροπορίας (251 ΓΝΑ) και 10 χρόνια αργότερα άρχισε να λειτουργεί στη σημερινή του θέση, αρχικά με 130 και επί του παρόντος με 378 κλίνες.
Παρέχει υγειονομική περίθαλψη και νοσηλεία στο εν ενεργεία και εν αποστρατεία προσωπικό της Πολεμικής Αεροπορίας (ΠΑ) και στα μέλη των οικογενειών τους, στους μονίμους και συνταξιούχους πολιτικούς υπαλλήλους του Γενικού Επιτελείου Αεροπορίας και στα μέλη των οικογενειών τους, και από το 2019 στο εν ενεργεία και εν αποστρατεία προσωπικό του Πυροσβεστικού Σώματος και στα μέλη των οικογενειών τους.
Η Ψυχιατρική Κλινική ξεκίνησε να λειτουργεί, αυτόνομα και ανεξάρτητα από τη Νευρολογική Κλινική, το 1976. Έχει ως σκοπό τη διατήρηση του αξιόμαχου προσωπικού και τη διασφάλιση της αποστολής του μέσω της πρόληψης και της ελαχιστοποίησης των περιπτώσεων ψυχικής υγείας.