Ιδρύθηκε το 1986 για να στεγάσει την ιδιωτική συλλογή κυκλαδικής τέχνης της Ντόλης και του Νικόλαου Γουλανδρή αλλά και να παρουσιάζει εκθέματα από την Αρχαία Ελληνική και Αρχαία Κυπριακή Τέχνη καθώς και εκθέματα από την Καθημερινή Ζωή στην Αρχαιότητα.
Οι μόνιμες συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν 3.000 αντικείμενα, μαρτυρίες πολιτισμών που άνθισαν στον χώρο του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου από την 4η π.Χ. χιλιετία έως περίπου τον 6ο αιώνα μ.Χ. Οι περιοδικές εκθέσεις του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης επικεντρώνονται στην αρχαιολογία, τη μοντέρνα και τη σύγχρονη τέχνη και έχουν στόχο να φέρουν το κοινό σε επαφή όχι μόνο με την αρχαιότητα αλλά και με σημαντικούς καλλιτέχνες του 20ού και του 21ου αιώνα.
Από το έτος ίδρυσης του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης, λειτουργεί και το Τμήμα Εκπαιδευτικών και Κοινωνικών Προγραμμάτων που προσφέρει προγράμματα και δραστηριότητες για παιδιά, σχολεία αλλά και οικογένειες καθώς και σε ευάλωτες κοινωνικές ομάδες. Στρατηγικός στόχος του Μουσείου είναι να αναπτύξει και το κοινωνικό του αποτύπωμα και να αποτελεί έναν πολιτιστικό οργανισμό ανοιχτό και προσβάσιμο σε όλους.